El Presidio o Fuerte de San Antonio fue creado el 2 de noviembre de 1677 por orden del Gobernador del Paraguay, el Capitán Don Felipe Reges Corbalán y junto con este se creó el Presidio de Santa Rosa. Los presidios no eran lugares de reclusión sino pequeños fuertes que protegían a la incipiente población formada de los ataques de los guaikurú, mbayas y otras tribus. En 1782 los misioneros franciscanos fundaron en ese lugar una reducción con donativos de Asunción pero que no prosperó por los constantes ataques.
En el año 1791 el gobernador Joaquín Alós y Bru ordenó que se entregue a Francisco Alonso media arroba de tabaco, idem de sal, cuatro idem de yerba, para el consumo de los peones destinados a la refacción del fuerte de San Antonio.
De acuerdo con la tradición y el derecho español en materia de descubrimiento y conquista de tierra, solamente participaban los conquistadores, salvo contadas excepciones. El teniente mayor reformado Marcos de Arestegui, vecino de Asunción, solicitó un retazo de tierra en el pago de San Antonio, cañada de Tupeay, con monte realengo, que tenía por linderos las tierras de Javier Valdéz y la de Francisco Medina. Se habla también de una solicitud presentada por el capitán Juan de Olmedo y sus hermanos menores, en la que manifiesta ser hijo del finado Miguel Olmedo y pedía la división de una tierra que por herencia habían recibido, ubicada en San Antonio. Otro testimonio que prueba que la región de San Antonio ya estaba poblada a fines del siglo XVIII, fue dada por el capitán y alcalde ordinario de 2° voto, en vista de estar informado que los vecinos del valle de San Antonio mantenían sueltos sus ganados y que estos causaban serios daños a las sementeras, al mandar que sean notificados sus dueños.
Para algunos de los historiadores, la creación de esta comunidad tuvo lugar durante el gobierno del Dr. Francia, quien estableció un fortín para velar la defensa del territorio nacional. Durante el gobierno de Francia, el comandante de San Antonio acusó recibo de una copia autorizada de un decreto firmado por el gobernante paraguayo el 26 de octubre de 1835, por el cual se rebajó 4% la contribución fructuaria de verano, en lugar del 5% que anteriormente se había establecido. Una comunicación del comandante Rafael Quiñonez al ciudadano Andrés Gill, secretario del Supremo gobierno, manifestó que dejó la cantidad de postes de urundey necesaria para el cerco de la guardia y que sobraron cien postes gruesos de la misma madera que estaban en el puerto de San Antonio. A fines de la colonia, en ocasiones, en los puertos de costa abajo se embarcaban dulces, azúcar, madera, loza de ita y naranjas durante el gobierno francista y el de Carlos Antonio López. El puerto de San Antonio era un lugar de exportación de naranjas al Río de la Plata.
San Antonio fue protagonista de la Guerra de la Triple Alianza ya que en sus puertos desembarcaron las tropas brasileñas para dirigirse a la histórica Batalla de Ytororó a orillas del arroyo homónimo. El ejército brasileño cruzó al chaco en los primeros días de diciembre de 1868, y emprendió la marcha para llegar frente a San Antonio en donde estaba fondeada la escuadra imperial. Ya entonces la población de San Antonio había sido evacuada. Así fue ocupada San Antonio, que cayo en manos del enemigo, que encontró una dura resistencia en Ytororó, Avay e Itá Yvaté.
Uno de los ciudadanos más antiguos fue el alemán Gustavo Conrado Göetz quien refubdó y habitó el lugar en 1890; luego de su fallecimiento fue sepultado en el cementerio local donde sus restos descansan junto con los de su esposa Emma Göetz. El ciudadano Agustín Quiñonez junto con otros habitantes fue quien impulsó la repoblación de San Antonio. Otra de las pobladoras más antiguas fue la señora Cándida Achucarro quién tuvo varios hijos del ciudadano José León Larrea y de quienes descienden la mayor parte de la familia Larrea Achucarro. Un antiguo barrio, la segunda escuela de San Antonio y una avenida principal llevan su nombre.
El 23 de abril de 1903 el Senado y la Cámara de Diputados sancionan con fuerza de ley la promoción a la categoría de distrito a la comunidad de San Antonio. Seguidamente llegaron familias de origen francés, italiano, alemán y español. A partir de la ubicación de estas familias en la ciudad, ésta tuvo un crecimiento poblacional importante. El 16 de marzo de 1981, San Antonio asciende a la categoría de ciudad, siendo su primer intendente municipal el Lic. Francisco Bogado Caballero Jr.